生物信息学：Python基因组数据分析培训课程
-
-
培训对象： 生物信息学研究人员、基因测序数据分析师、生命科学领域科研人员、医学遗传学从业者。
-
-
培训目标：
-
-
培训内容介绍：
-
一、 生物信息学与Python生态： 介绍生物信息学常用Python库（Biopython、pysam、pyvcf），搭建分析环境。
二、 序列数据处理（FASTA/FASTQ）： 使用Biopython解析和操作序列数据，进行序列反向互补、翻译和质量过滤。
三、 基因组比对与BWA使用： 理解比对算法原理，使用BWA将测序reads比对到参考基因组，生成SAM文件。
四、 SAM/BAM文件处理（pysam）： 使用pysam读取和操作BAM文件，进行排序、索引和比对质量统计。
五、 变异检测（GATK/FreeBayes）： 使用GATK最佳实践流程进行变异检测，生成VCF文件。
六、 VCF文件解析与变异注释： 使用pyvcf解析VCF文件，使用ANNOVAR或SnpEff进行变异功能注释。
七、 转录组差异表达分析（DESeq2）： 使用Python调用R或直接使用PyDESeq2进行RNA-seq差异表达分析。
八、 基因富集分析（GO/KEGG）： 对差异表达基因进行功能富集分析，使用gseapy或GSEApy进行可视化。
九、 单细胞RNA-seq数据分析（Scanpy）： 使用Scanpy处理单细胞数据，进行质控、降维聚类和细胞类型注释。
十、 基因组可视化（pyGenomeTracks）： 使用pyGenomeTracks或IGV进行基因组浏览器可视化，展示比对和变异。
十一、 工作流管理（Snakemake/Nextflow）： 使用Snakemake构建可重复的生物信息学分析流程。
十二、 实战项目：全基因组分析流程： 从原始测序数据开始，完成比对、变异检测、注释和可视化的完整流程。
如果您想学习本课程，请
预约报名
如果没找到合适的课程或有特殊培训需求，请
订制培训
除培训外，同时提供相关技术咨询与技术支持服务，有需求请发需求表到邮箱soft@info-soft.cn,或致电4007991916
技术服务需求表点击在线申请
服务特点：
海量专家资源，精准匹配相关行业，相关项目专家，针对实际需求，顾问式咨询，互动式授课，案例教学，小班授课，实际项目演示，快捷高效，省时省力省钱。
专家力量：
中国科学院软件研究所，计算研究所高级研究人员
oracle,微软，vmware，MSC,Ansys，candence,Altium,达索等大型公司高级工程师，项目经理，技术支持专家
中科信软培训中心，资深专家或讲师
大多名牌大学，硕士以上学历，相关技术专业，理论素养丰富
多年实际项目经历，大型项目实战案例，热情，乐于技术分享
针对客户实际需求，案例教学，互动式沟通，学有所获
