课程培训
R语言与ggplot2 生物数据可视化绘图培训课程

R语言与ggplot2 生物数据可视化绘图培训课程

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  • 培训对象:生物医学研究人员、生物信息分析人员、需要掌握专业科研绘图技能,制作符合发表要求的图表的科研人员。

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  • 培训目标

    1. 掌握R语言数据处理基础与tidyverse生态,能够对生物信息数据进行清洗和整理

    2. 熟练运用ggplot2的图形语法,创建散点图、箱线图、热图、火山图等科研常用图表

    3. 掌握图表的精细化调整与主题定制,能够生成符合期刊发表要求的出版级图表。

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  • 培训内容介绍

    1. R语言基础与RStudio:安装R和RStudio,熟悉R的基本数据结构(向量、数据框、列表)和操作

    2. tidyverse数据清洗:使用dplyr进行数据筛选、汇总、变形,使用tidyr进行数据长宽转换

    3. ggplot2图形语法:理解ggplot2的图层语法结构(data、aes、geom、facet、theme)

    4. 基础图表绘制:使用geom_point、geom_boxplot、geom_bar、geom_histogram绘制基础图表。

    5. 火山图绘制:从DESeq2结果中提取数据,绘制火山图标识显著差异基因。

    6. 热图绘制:使用pheatmap或ggplot2绘制基因表达热图,展示聚类结果。

    7. 箱线图与小提琴图:绘制多组比较的箱线图或小提琴图,展示表达分布。

    8. PCA与降维可视化:绘制PCA图、t-SNE图展示样本聚类关系。

    9. 染色体分布图:绘制曼哈顿图展示GWAS结果或基因在染色体上的分布。

    10. 颜色主题与标度:掌握scale_color_manual、scale_fill_gradient等颜色设置,选择合适的配色方案。

    11. 主题定制与图例调整:使用theme函数调整坐标轴、图例、标题等元素,去除背景网格,符合出版要求

    12. 综合实战演练:以真实的转录组或基因组数据为例,完成从数据处理到多图组合发表的全流程。





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