SAMtools 基因组数据处理与BAM文件操作培训课程-中科信软培训中心

SAMtools 基因组数据处理与BAM文件操作培训课程

培训对象：生物信息分析人员、NGS数据处理工程师、需要深入掌握比对后数据操作与格式转换的技术人员。
培训目标：
1. 深入理解SAM/BAM/CRAM格式的规范与字段含义，掌握格式转换与数据提取的核心命令。
2. 熟练运用SAMtools进行排序、索引、合并、去重等BAM文件操作，构建标准化的分析流程。
3. 掌握SAMtools的变异检测与统计功能，能够生成比对报告并进行数据质量评估。
培训内容介绍：
1. SAM/BAM格式深度解析：逐字段解读SAM格式的11个必填列，理解FLAG、CIGAR、MAPQ等核心信息的含义。
2. 格式转换实战：使用samtools view进行SAM与BAM、CRAM格式的相互转换，掌握参数设置技巧。
3. 排序与索引：使用samtools sort对BAM文件进行坐标排序，使用samtools index创建BAI索引文件。
4. 数据提取与过滤：根据区域、FLAG标记、比对质量等条件提取特定reads，满足下游分析需求。
5. 合并与拆分：使用samtools merge合并多个BAM文件，使用samtools split按染色体拆分大文件。
6. 去重处理：使用samtools markdup标记或去除PCR重复reads，理解重复reads对变异检测的影响。
7. 比对统计与报告：使用samtools flagstat和samtools stats生成全面的比对统计报告。
8. 深度与覆盖度计算：使用samtools depth计算各位置的测序深度，生成覆盖度分布文件。
9. MPILEUP与变异检测：使用samtools mpileup生成pileup格式文件，结合bcftools进行变异检测。
10. FASTA/FASTQ操作：使用samtools faidx对参考基因组建立索引并快速提取子序列。
11. 视图与诊断：使用samtools tview在终端可视化查看比对情况，快速诊断比对问题。
12. 综合实战演练：以真实测序数据为例，完成从原始SAM到过滤后BAM的全流程操作与质控报告生成。

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